第二季中，在充满日本风情的小乡村霞高原町“霞之里”私立志能备学园里，为了拜自己憧憬着的忍者“市川电藏”为师而来到了“志能备学园”的女孩子向日葵，和为了偿还被骗走的借金而来到学校的新任教师万里小路隼人，他们之间闹腾故事还将继续……然而，学校中的神秘组织却吧恐怖黑手伸向了学园。

一天，校园里突然发生了爆炸事件，男学生神秘失踪。学校方面却只想息事宁人，可是小葵等人决定要将事情的真相弄个水落石出……

《向日葵》片如其名，是一部充满活力又混有忍者风格的作品。当然，这个作品另外一个亮点就是角色原案的担当Okama老师。由制作18X作品转型的他，近两年来为动画《飞越巅峰2！》和《电车男》中《月面兔兵器米娜》担任的人物造型设计。